細胞時系列比較により疾患関連遺伝子を同定する新技術

<plone.namedfile.file.NamedBlobImage object at 0x7f1786edba50 oid 0x3b0b88 in <Connection at 7f1869f4bca0>>

2022-10-21

life_sciences_medicine

{'items': [{'key': '9erjn', 'term': '疑似時間 ', 'description': {'blocks': [{'key': 'bm888', 'text': '生体組織や器官から細胞を採取すると、それ以降完全に同じ細胞を採取できないため、実時間の追跡は不可能である。そこで、同じ組織から採取した細胞集団には様々な時間経過の細胞が含まれると仮定し、それらに対応する疑似的な時間を疑似時間という。', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}, {'key': '7dmah', 'term': 'シングルセル比較解析 ', 'description': {'blocks': [{'key': 'do26r', 'text': 'ある細胞集団を構成する個々の細胞の遺伝子発現量などを観測したデータを使い、互いに関連のあるシングルセルデータ同士を比較すること。例えば、２つのデータの間で発現量に差のある遺伝子を同定するといった解析を含む。', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}, {'key': 'dpq0e', 'term': '分化 ', 'description': {'blocks': [{'key': 'f6tke', 'text': '遺伝子発現の変化により、細胞が特定の細胞型に変化していく過程。', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}, {'key': '14crp', 'term': '木のアラインメント ', 'description': {'blocks': [{'key': '1tbb4', 'text': '比較する２つの木構造において、親子関係などの階層構造を考慮しながら、それぞれを構成する素(本研究における細胞クラスター) 同士の対応付けを取ること。', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}]}

['med']

['加藤有己', '杉原礼一']

CAPITAL開発当初は計算量に苦労しました。木のアラインメント問題は計算機科学の言葉で言えば問題のサイズの多項式時間で解けるのですが、細胞数が数千個にもなると多大な時間がかかり、実用的ではありません。そこで、現実には数十個と見積もられる細胞クラスター間の木のアラインメントを行うことで、計算量の問題を解決しました。時間情報、構造情報を保存したままシングルセルデータを比較する手法は他に例がなく、本手法が広く利用されることを願ってやみません。

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加藤有己

准教授

医学系研究科

https://rd.iai.osaka-u.ac.jp/ja/f5271613ba0be57f.html