創薬への応用に期待

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2024-10-31

natural_sciences

{'items': [{'key': '9faoo', 'term': '日本蛋白質構造データバンク（Protein Data Bank Japan :PDBj\u3000代表 栗栖源嗣教授）', 'description': {'blocks': [{'key': 'fkrcd', 'text': 'https://pdbj.org/', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [{'offset': 0, 'length': 17, 'key': 0}], 'data': {}}, {'key': '5khln', 'text': '日本蛋白質構造データバンク（PDBj: Protein Data Bank Japan）は、2000年に大阪大学蛋白質研究所に共同利用・共同研究拠点活動を担う組織として設置されました。20年にわたりアジア・中東地区からのタンパク質や核酸の立体構造情報を収集・編集・登録し、米国RCSB、BMRBおよび欧州 PDBeと協力して、国際的に統一化された一つの蛋白質構造データベース（PDB）として全データを大阪大学から世界に発信しています。', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {'0': {'type': 'LINK', 'mutability': 'MUTABLE', 'data': {'url': 'https://pdbj.org/'}}}}}, {'key': '6043e', 'term': '東北大学東北メディカル・メガバンク機構（ToMMo\u3000機構長 山本雅之教授）', 'description': {'blocks': [{'key': '11k33', 'text': 'https://www.megabank.tohoku.ac.jp/', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [{'offset': 0, 'length': 34, 'key': 0}], 'data': {}}, {'key': 'cseta', 'text': '東日本大震災からの復興と、個別化予防・医療の実現を目指し2012年に設立された組織で、岩手医科大学いわて東北メディカル・メガバンク機構とともに、東北メディカル・メガバンク計画を推進しています。東北メディカル・メガバンク計画は、2013年より合計15万人規模の地域住民コホート調査および三世代コホート調査等を実施して、試料・情報を収集したバイオバンクを整備しています。さらにバイオバンクの試料・情報を産学問わず利活用できるよう、仕組みの整備、データベースの構築などを行っています。本計画については、2015年度より、国立研究開発法人日本医療研究開発機構（AMED）が研究支援担当機関の役割を果たしています。', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {'0': {'type': 'LINK', 'mutability': 'MUTABLE', 'data': {'url': 'https://www.megabank.tohoku.ac.jp/'}}}}}, {'key': '8fqbk', 'term': '日本人多層オミックス参照パネル（jMorp：Japanese Multi Omics Reference Panel\u3000代表\u3000木下賢吾教授）', 'description': {'blocks': [{'key': '1i8tg', 'text': 'https://jmorp.megabank.tohoku.ac.jp/', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [{'offset': 0, 'length': 36, 'key': 0}], 'data': {}}, {'key': 'ejp6h', 'text': '日本人多層オミックス参照パネル（Japanese Multi Omics Reference Panel：jMorp）は、東北\u3000大学 東北メディカル・メガバンク機構 (ToMMo) が、 東北メディカル・メガバンク計画におけるコホート調査にご参加いただいた方のゲノム・オミックスデータを解析し、その統計データを公開しているウェブサイトです。jMorp は、2015年7月にメタボローム・プロテオームデータの解析結果を公開するデータベースとして誕生し、その後、毎年アップデートを行い、ゲノム・トランスクリプトーム・メタゲノムなどのデータを追加し、現在に至ります。', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {'0': {'type': 'LINK', 'mutability': 'MUTABLE', 'data': {'url': 'https://jmorp.megabank.tohoku.ac.jp/'}}}}}, {'key': '53hom', 'term': '蛋白質構造データバンク（Protein Data Bank : PDB）', 'description': {'blocks': [{'key': 'f9u15', 'text': '蛋白質構造データバンク（Protein Data Bank：PDB）は実験的に決定した生体高分子の３次元構造を保存する世界で唯一のデータベースです。1971年に米国で7つのエントリーからスタートしました。90 年代後半になり、登録件数が全世界的に増加したことに伴って、日本には日本蛋白質構造データバンク（PDBj）が、欧州にはProtein Data Bank in Europe（PDBe）が設置されて、国際連携でPDB を維持・管理するようになりました。現在の総登録件数は22 万件以上で、毎週250 件程度の新規構造が追加されています。', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}, {'key': 'adln', 'text': '2024年のノーベル化学賞「タンパク質デザインと構造予測」においては、タンパク質の構造情報を収集し関連情報を付加して無償で提供してきたPDBの貢献があったことを、受賞者のジョン・ジャンパー博士がコメントされています。', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}, {'key': '5872a', 'term': '国際蛋白質構造データバンク（worldwide Protein Data Bank : wwPDB）', 'description': {'blocks': [{'key': 'fbfrg', 'text': 'https://www.wwpdb.org/', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [{'offset': 0, 'length': 22, 'key': 0}], 'data': {}}, {'key': '7j1tg', 'text': '大阪大学蛋白質研究所に加えて、米国ラトガース大学とカリフォルニア大学サンディエゴ校の共同研究チーム(RCSB PDB)とNMRの実験データを収録するコネチカット大学、欧州はイギリスにある欧州生物情報科学研究所(EMBL-EBI)がメンバーとなって共同でPDB データの登録・維持・管理を行う国際プロジェクトです。2003年に正式な協定が結ばれて設立されました。日本蛋白質構造データバンク（PDBj）はwwPDBの設立メンバーであり、アジア・中東地区からのデータ処理・登録に責任を負っています。', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {'0': {'type': 'LINK', 'mutability': 'MUTABLE', 'data': {'url': 'https://www.wwpdb.org/'}}}}}, {'key': '53mk0', 'term': 'UniProt', 'description': {'blocks': [{'key': '3hurd', 'text': 'https://www.uniprot.org/', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [{'offset': 0, 'length': 24, 'key': 0}], 'data': {}}, {'key': '1bahm', 'text': 'UniProt（The Universal Protein Resource）は、タンパク質配列と機能情報について、包括的で高品質かつ自由にアクセス可能なリソースとして科学コミュニティに提供することを目的として、欧州生物情報科学研究所(EMBL-EBI)、スイス生物情報学研究所（SIB）、Protein Information Resource（PIR）の共同研究により維持されているタンパク質配列とアノテーションデータの包括的なデータベースです。', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {'0': {'type': 'LINK', 'mutability': 'MUTABLE', 'data': {'url': 'https://www.uniprot.org/'}}}}}]}

['protein']

['栗栖源嗣']

今回開発した、配列と立体構造をつなぐポータルサイトにより、タンパク質立体構造とjMorpに収録されている日本人を対象とした高精度の遺伝子変異情報が多くの人に有効活用され、医学・創薬のさらなる発展につながることを期待しています。　PDBjは、国際的なデータベースPDBのアジア拠点として、これからも生命科学研究の情報基盤を提供し、利用促進のために、jMorpをはじめとする国内、国際データベースと連携し、データ高度化を進めてまいります。

栗栖源嗣

教授

蛋白質研究所

https://rd.iai.osaka-u.ac.jp/ja/908b2899e6d6c66d.html