175種を網羅した大規模ゲノムデータベース構築

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2019-07-17

life_sciences_medicine

{'items': [{'key': '2tdln', 'term': '非結核性抗酸菌', 'description': {'blocks': [{'key': 'ajj00', 'text': 'NTM：', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}, {'key': '9cu5t', 'text': 'マイコバクテリウム属細菌はグラム陽性細菌に分類される真正細菌の一属で、結核菌など約200種が登録されています。このマイコバクテリウム属の細菌は抗酸菌と総称され、そのうち結核菌群および、らい菌を除いた細菌を非結核性抗酸菌（NTM）といいます。これらにより引き起こされる感染症はNTM症と呼ばれ、免疫不全患者だけでなく健常者へも感染し、感染後は自覚的な症状がほとんど無いまま長い時間をかけて病状が進行します。発症後は咳・痰・血痰・発熱・食欲不振・体重減少・全身倦怠感などが見られ、抗生物質も効きづらいため、長期の適切な薬剤治療が必要となる厄介な病気です。 ', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}, {'description': {'blocks': [{'key': '1rhng', 'text': '生物の分類区分で、種の下位区分。非結核性抗酸菌症の主要な病原菌であるMycobacterium aviumの亜種であるhominissuis、silvaticum、paratuberculosisなど、近年次々と亜種が発見されている。', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}, 'key': 'term2', 'term': '亜種レベル'}, {'key': 'amqhm', 'term': 'MLST', 'description': {'blocks': [{'key': 'e7svj', 'text': 'Multi-Locus Sequence Typing：', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}, {'key': '61ms3', 'text': 'データベースに登録された配列と同定したい検体の配列を照合することによりマッチする菌種を探す手法はsequencetypingと呼ばれ、それを複数遺伝子に拡張したものがMLSTと呼ばれます。菌種固有の遺伝子のDNA配列をデータベースに登録しておくことで極めて高い精度で同定が行え、データベースの規模が大きいほど検出能力が上昇します。今回、本研究においてはリボソーム分子の構成に関わる遺伝子やNTMの抗生物質耐性に関わると考えられている184遺伝子を選んだ上で、公共データベースおよび我々が新規に解読した計175種のNTMのゲノム情報を用いることで、マイコバクテリウム同定のためのデータベースを完全に新規に作成しました。 ', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}, {'description': {'blocks': [{'key': 'fis0v', 'text': '全ての生物が持つゲノムDNAはA（アデニン）、T（チミン）、G（グアニン）、C（シトシン）の4種類の塩基が連なった構造をしています。DNAの塩基配列を解読することはシーケンシングと呼ばれ、近年の技術革新が可能とした多量の塩基配列の同時解読技術を、特に次世代シーケンシング技術と呼びます。本研究においてはIllumina社のHiSeq2500とOxford Nanopore Technologies社のMinIONという性質の異なる複数の次世代シーケンサーを組み合わせることで、より高精度なゲノムの構築を実現しました。', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}, 'key': 'term4', 'term': '次世代シーケンシング技術'}]}

['rimd']

['松本悠希', '中村昇太']