日本主導型の国際メタアナリシスでゲノム情報に基づく疾患の精密分類を提案

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2021-10-01

life_sciences_medicine

{'items': [{'key': '35r4m', 'term': 'バイオマーカー', 'description': {'blocks': [{'key': '4tooc', 'text': ' ヒトの疾患病態や生物的特徴の説明に役立つ、測定指標のこと。体重、血圧などの身体測定値や、コレステロールや尿酸などの血液検査値が含まれる。 ', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}, {'key': '52513', 'term': 'ゲノムワイド関連解析研究（GWAS：Genome Wide Association Study）', 'description': {'blocks': [{'key': 'c3ceh', 'text': ' ヒトゲノム配列上に存在する数百〜数千万カ所の遺伝的変異（とくに一塩基多型・SNP）とヒトの疾患発症リスクや個人差（形質）との関連を網羅的に検討する、遺伝統計解析手法。 ', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}, {'key': '20slp', 'term': 'バイオバンク', 'description': {'blocks': [{'key': 'l3jc', 'text': ' 疾患疫学や病態研究などを目的に、多数のヒトのDNA、血清、尿、組織などの検体を収集、蓄積、管理する施設のこと。近年では国家レベルで数十万人を対象とするバイオバンクが構築され、個人の検体とともに電子カルテ上の臨床情報やその後の予後などの追跡情報も蓄積される例が多い。 ', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}, {'key': '96bej', 'term': '要約統計量 (summary statistics)', 'description': {'blocks': [{'key': '2vmi5', 'text': ' GWASの関連解析結果の主となる統計量をまとめた表のことで、一般的には全ゲノムに渡る遺伝的変異の名称や位置情報と、線形回帰やロジスティック回帰の結果のP値（＝統計学的な有意性）・beta値（＝リスクの方向性・大きさ）・標準誤差、解析サンプル数などの情報がまとめられたもののことを指す。元のゲノムデータや形質データと異なりプライバシーの問題がないため、GWAS結果を他機関に共有する際の基本的な情報として利用される。 ', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}, {'key': '9d60f', 'term': '特異値分解 (SVD: singular value decomposition)', 'description': {'blocks': [{'key': '78eij', 'text': '線形代数において、正方行列に限らない任意の行列を複数の行列の積として分解する手法の一つ。', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}, {'key': 'f51n7', 'text': '任意の実行列Aに対して得られる特異値分解A=UΣVでは、ΣはAの特異値を対角項にもつ矩形行列、UとVは直交行列となる。本論文ではtruncated SVDという応用手法により、指定した階数(< rank(A))までの分解を実施し、複雑な遺伝子変異―疾患間の遺伝的相関関係を、得られた成分の組み合わせとして表現した。 ', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}, {'key': 'ejh8f', 'term': 'メタボローム (metabolome)', 'description': {'blocks': [{'key': '6gfrb', 'text': ' 生体内の低分子化合物質(代謝物: metabolite)の総体(-ome)のこと。質量分析法等により網羅的に代謝物を測定する技術が近年発達し、数千種類におよぶ代謝物の量を測定することができる。 ', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}, {'key': '5sc2h', 'term': 'プロジェクション解析', 'description': {'blocks': [{'key': 'dsn7u', 'text': ' 疾患形質に対する特異値分解によって得られた遺伝的変異と各要素の関係の大きさと符号を表す重み情報を用いて、新たなGWAS要約統計量を特異値分解の要素に投影し、それぞれの要素に対してどのくらいの貢献度があるか定量する解析のこと。 ', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}, {'key': 'ha49', 'term': '遺伝的集団 (population)', 'description': {'blocks': [{'key': '8mqgj', 'text': ' 英語におけるpopulation、すなわちある遺伝学的背景を共有した任意の集団（データから科学的に定義された任意の集団）のことで、本研究においては日本語訳の一例として「遺伝的集団」を使用している。より狭義のancestry(遺伝学的背景を共有した集団かつ、歴史的にも遺伝的祖先を共有していると考えられる集団、日本語訳の例: 遺伝的祖先)や、社会的に構築されたニュアンスを含むrace（日本語訳の例: 人種）やethnicity(日本語訳の例: 民族)とは異なる意味で使用している。 ', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}, {'key': '4ucrh', 'term': 'Polygenic risk score（PRS)', 'description': {'blocks': [{'key': '6rnp6', 'text': ' 大規模なゲノムワイド関連解析研究(GWAS)により疾患や形質との関連が示唆された数十〜数千の遺伝的変異の重み付きの和を個人ごとに計算したスコア。このスコアは実際の疾患発症リスクと相関することが示されており、集団内でスコアの分布を調べることで、特にその疾患のリスクが高い個人を特定することができる。 ', 'type': 'unstyled', 'depth': 0, 'inlineStyleRanges': [], 'entityRanges': [], 'data': {}}], 'entityMap': {}}}]}

['med']

['坂上沙央里', '金井仁弘', '岡田随象']

ゲノム解析技術の著しい進歩により世界中で実施されてきたGWASから、すでに25万以上の疾患感受性領域が報告されていますが、得られた結果が複雑すぎて解釈が困難であることがしばしば批判として挙げられてきました。遺伝的背景・診断基準や環境要因が異なる集団においてもゲノムに基づく病気同士の関係が概ね共通していることや、ヒトの病気の複雑な遺伝的リスクを行列分解を用いて単純な形質の遺伝的リスクの和で表すことができたことは、当たり前のように見えて本研究で初めて示されたことであり、結果を見たときの喜びは忘れられません。研究施設も国も超えて、異分野横断的な解析を実施できる環境を作ってくださった共同研究者の方々、また何よりバイオバンク参加者の方々に深くお礼を申し上げます。本プロジェクトでは積極的にデータ公開を実施して世界中の研究者に研究成果を使用していただくことを目標としており、すでに私達の解析結果を利用した論文が多数発表されていることも嬉しく感じています。

岡田随象

教授

医学系研究科

https://rd.iai.osaka-u.ac.jp/ja/baea0abff789d40f.html?k=%E5%B2%A1%E7%94%B0%E9%9A%8F%E8%B1%A1